使用Falcon对三代测序进行基因组组装

Falcon是PacBio公司开发的用于自家SMRT产出数据的基因组组装工具。Falcon分为三个部分：

HGAP：PacBio最先开发的工具，用于组装细菌基因组，名字缩写自Hierarchical genome-assembly process(层次基因组组装进程)。 适用于已知复杂度的基因组，且基因组大小不能超过3Gb. 由于是图形界面，所以用起来会非常方便。
Falcon：和HGAP工作流程相似，可认为是命令行版本的HGAP，能与Falcon-Unzip无缝衔接。
Falcon-Unzip: 适用于杂合度较高或者远亲繁殖或者是多倍体的物种
层次基因组组装过程(HGAP)分为两轮.

第一轮是选择种子序列或者是数据集中最长的序列(通过length_cufoff设置)，比较短的序列比对到长序列上用于产生高可信度的一致性序列。PacBio称其