我们为什么需要标准的工作流描述语言

在构造生物信息工作流时，如果不使用标准工作流描述语言，我们一般是使用脚本语言来构造：

• 直接采用shell、R、Python 等编写脚本，封装基因计算软件的命令行
• 多个脚本组成一个工作流
• 执行时输入参数执行命令行

这种方式构造的工作流，在使用过程中可能面临下面的挑战：

• 不同的基因流程可能使用不同的脚本语言、对使用者的计算机技能要求较高
• 脚本类的工作流的执行，无专业的解析引擎，运行状态无法监控
• 脚本健壮性要求高，如果错误处理没有做好，可能造成时间和资源的浪费

如果您也遇到了上面的痛点，那么您急需要引入标准的工作流来规范流程。比如 WDL 就是个很好的选择。

WDL

什么是 WDL

WDL 是 Workflow De ion Language的缩写，有时也写作 Workflow Definition Languag