使用stack分析RAD-seq

一次简化基因组数据分析实战
尽管目前已经有大量物种基因组释放出来，但还是存在许多物种是没有参考基因组。使用基于酶切的二代测序技术，如RAD-seq，GBS，构建遗传图谱是研究无参考物种比较常用的方法。Stacks就是目前比较通用的分析流程，能用来构建遗传图谱，处理群体遗传学，构建进化发育树。

这篇教程主要介绍如何使用Stacks分析基于酶切的二代测序结果，比如说等RAD-seq，分析步骤为环境准备，原始数据质量评估， 多标记数据分离，序列比对（无参则需要进行contig de novo 组装），RAD位点组装和基因分型，以及后续的标记过滤和格式转换。

适用范围：

酶切文库类型：ddRAD, GBS, ezRAD, quad-dRAD和Rapture。 但是stacks更适用于RAD-seq，GBS推荐TASSEL。如下是“Genome-w